دومین روز مراسم «وداع» با علی خامنهای، رهبر پیشین جمهوری اسلامی، روز یکشنبه ۱۴ تیر در مصلای امام خمینی تهران برگزار شد. در این مراسم، مصطفی، میثم و مسعود خامنهای، سه فرزند او، حضور داشتند، اما مجتبی خامنهای که پس از کشته شدن پدرش بهعنوان رهبر جدید جمهوری اسلامی معرفی شده، همچنان در هیچیک از مراسم تشییع دیده نشده است. در مراسم نماز میت، احمد وحیدی، فرمانده کل سپاه پاسداران، نیز در صف اول نماز و در کنار مقامهای ارشد جمهوری اسلامی حضور داشت. او پیشتر شامگاه پنجشنبه ۱۱ تیر نیز برای نخستین بار از زمان آغاز جنگ در حسینیه خمینی دیده شده بود. وحیدی روز جمعه در گفتگو با صداوسیما تاکید کرده بود که جمهوری اسلامی هیچگاه از مسیر علی خامنهای جدا نخواهد شد و گفته بود: «ما هیچوقت از ایشان جدا نخواهیم بود. ایشان در قلب و روح و جان ما جا دارند و برای همه ما و ایران عزیزمان ماندنی و جاودانه هستند.» او همچنین خطاب به آنچه «دشمنان ایران» خواند، گفت: «این خون پاک امام شهید ما نقطه عطف دیگری در پیروزیهای اسلام بر سراسر کفر جهانی خواهد بود و تسلیم این ملت را هرگز نخواهند دید.»